Le attività organizzate dall'ISIG si sviluppano nei seguenti contesti entro i quali vengono organizzati prodotti specifici, trasversali alle tematiche affrontate nel lavoro dell'ISIG. Ognuna di esse è una mini-organizzazione autonoma, entro la più generale attività dell'Istituto, e produce pubblicazioni, banche dati, ricerche, incontri, attività accademiche, gestisce, inoltre, reti di istituzioni e ricercatori. 

Le principali attività sono: 

• Forum delle città di Confine Europee 
• Forum Permanente per le Azioni di Pace 
• IFRA - International Future Research Academy
• Osservatorio delle Minoranze Etniche Europee 
• Urb-Est - Rete telematica per progetti culturali con i paesi dell'Est Europa per la promozione della democrazia locale e dello sviluppo economico e dell'imprenditorialità.